Ende des 12. Jh. wurde in der Nähe des Hafens eine kleine Kapelle errichtet, die dem Heiligen Nikolaus gewidmet war, dem Schutzheiligen der Seefahrer. Weil die Kapelle für die damals schnell wachsende Bevölkerung viel zu klein war, wurde sie im 13. und 14. Jahrhundert zu einer großen Hallenkirche ausgebaut. Während des großen Brands im Jahr 1842 wurde die Kirche zerstört und mit Spenden Hamburger Bürger im neugotischen Stil wieder aufgebaut. Bei ihrer Fertigstellung im Jahr 1874 hatte St. Nikolai mit 147,30 Metern den höchsten Kirchturm der Welt und behielt diesen Status auch drei Jahre lang, bevor im Jahr 1877 die Kathedrale im französischen Rouen einen neuen Hauptturm erhielt, der 151,50m hoch war.